西晋永嘉（306），今酉、秀、黔、彭等地”没于蛮僚”，历宋、齐、梁、魏、周等250余年。
北周保定四年（564），涪陵少数民族首领田思鹤”以地内附”，归顺中原王朝，因而在彭水置奉州（建德三年改名黔州），县为其属地。
隋开皇五年（585）置石城县，兼置庸州，治所均设今县坝乡县坝村。
隋大业三年（607）废庸州，石城县隶属巴东郡。《隋志》：”巴东郡统县十四，北极巫山、秭归，南至石城、务川最。石城县广矣。”唐武德元年（618）石城县改属黔州，其县治移无慈城，即今县坝老鹰关。
唐贞观四年（630）迁今联合镇。天宝元年（742）改名黔江，属黔安郡（黔州）。
五代十国时期，黔江属黔州。嘉庆《四川通志》：”天夏七年（90）年建据蜀，后唐长兴五年（935），孟知祥据蜀，黔州地属之。”宋、元之际（960-1368），黔江”半没于夷。”清咸丰《黔江县志》：”黔江自宋、元以来，半没于夷，为龚、胡、秦、向四土豪所据。龚据水寨，秦据册山，胡据峡口，向据后坝。”县境周边为唐崖、忠路、大旺、石柱、酉阳等土司包围，对县境不断扩张蚕食。至元二十二年（1285），明玉珍据川，称帝10年，黔江县为其属地。
黔城地处川东鄂西交界处，周围土司长期争战不休，民族矛盾和地区矛盾尖锐复杂。因此疆，犬牙交错”的军事要地，数次陈重兵于黔。
洪武五年（1372）蓝玉征黔，省黔江入彭水县.洪武十年（1378），蓝玉再次征黔，驻官兵1216名，置黔江守御千户所。
洪武十四年，复置黔江县，所，县并立，文武兼治。黔城守御千户所隶四川都司所属的重庆卫，持续275年。
清初，黔城县属重庆府。康熙元年（1662），改黔城守御千户所为黔彭营，镇守黔江，彭水等县，兼辖酉阳、石耶、平茶、邑梅五土司。
雍正四年（1726），改黔城县为黔城万。十二年（1734），含彭水县升为黔彭直隶万。为万治。
十三年（1735）酉阳土司”改土归流”后，置酉阳直隶州，废黔彭直隶万，复置黔城县，属酉阳直隶州。